豬德爾塔冠狀病毒（PDCoV）是引發我國豬腹瀉病的主要病原之一，與許多冠狀病毒相似，PDCoV形成了多種逃逸宿主細胞天然免疫應答的策略，以完成自身在細胞內的復制。研究表明，宿主細胞內源性非編碼RNA能夠通過調控細胞天然免疫應答、細胞凋亡、線粒體損傷等途徑參與多種冠狀病毒的致病過程，但其是否參與對PDCoV致病機制的調控尚不清楚。
近日，市農科院院
畜牧所畜禽疫病防控創新團隊鄢明華研究員課題組在《BMC Genomics》（中科院二區SCI，影響因子4.547）在線發表了題為“Identifcation and?integrated analysis of?lncRNAs and?miRNAs in?IPEC-J2 cells provide novel insight into?the?regulation of?the?innate immune response by?PDCoV infection”的學術論文。該研究基于全轉錄組測序技術從非編碼RNA角度對PDCoV的致病機制展開探索，并發現了兩個能夠顯著抑制PDCoV復制的miRNA，從非編碼RNA調控角度為PDCoV致病機制的研究提供了理論依據。市農科院
畜牧所助理研究員江珊為論文第一作者，中國農業科學院哈爾濱獸醫研究所馮力研究員和市農科院
畜牧所鄢明華研究員為論文共同通訊作者。
該研究構建了PDCoV感染豬腸道致病靶細胞IPEC-J2不同時間點的細胞模型，利用全轉錄組測序技術獲得了細胞模型中的lncRNA、miRNA和mRNA表達譜。通過生物信息學分析，篩選出PDCoV感染所致表達量發生顯著變化的lncRNA（DElncRNA）、miRNA（DEmiRNA）和mRNA（DEmRNA），從DEmRNA中預測了DElncRNA和DEmiRNA的靶基因，并分析了相關靶基因顯著富集的GO功能和KEGG信號通路?；谝陨习l現，該研究重點揭示了DElncRNA和DEmiRNA在PDCoV感染細胞過程中主要調控的天然免疫應答相關靶基因、功能和信號通路，并以具有天然免疫應答相關靶基因的DEmiRNA為核心構建了表達調控網絡，為進一步揭示非編碼RNA參與PDCoV逃逸天然免疫應答的致病機制提供理論依據。此外，該研究構建了天然免疫應答相關miRNA的過表達模擬物和沉默模擬物，通過細胞轉染等實驗發現miR-30c-3p和miR-374b-3p對PDCoV的復制具有顯著抑制作用，這一發現為今后以miRNA為基礎研究PDCoV疫苗和病毒藥物奠定了理論基礎。
該研究得到中國農業科學院哈爾濱獸醫研究所獸醫生物技術國家重點實驗室開放課題基金（SKLVBF202113）、天津市生豬產業技術體系創新團隊豬病毒病防控崗位項目（ITTPRS2021003）的支持。
